經濟管理學院的前身為管理學院，是全國最早創建經濟管理類專業的院系之一，積累了半個世紀的教學經驗。近年來，學院在工商管理碩士的培養上已形成特色，多次評估名列前茅，得到社會普遍好評。
學院現設有產業經濟學、管理科學、會計學、國際貿易、技術經濟與管理、企業管理等6個碩士點與一個工商管理碩士(mba)專業學位點。在1996年經國務院學位委員會批準，上海海事大學與荷蘭馬斯特里赫特管理學院開始聯合舉辦工商管理碩士培養項目，迄今已開辦了5屆，1998年經國務院學位委員會批準，為當時全國55所工商管理碩士(mba)聯考單位之一，2002年經國務院學位委員會批準，為全國30所高級工商管理碩士(emba)舉辦單位之一，該項目的主要承辦部門為經濟管理學院，目前已形成了多種形式的mba辦學體系。
經濟管理學院現設經濟學、國際經濟與貿易、國際金融、電子商務、會計學、財務管理、國際會計、工商管理、旅游管理、管理科學、行政管理等11個本科專業。交通與運輸經濟管理是該院的特色，產業經濟學被列為交通部重點學科，工商管理被上海市列為重點專業招生。
經濟管理學院現有教師76人，其中26%具有博士學位。現有碩士研究生250余人，本科生1980余人。