該系設有1個工商管理本科專業，工商管理第二學士學位專業，企業管理和技術經濟管理2個碩士學位點。下設安徽大學工商管理學院公司治理研究中心、公司文化研究中心、投資管理研究中心。
工商管理專業旨在培養適應現代市場經濟需要，具備人文精神、科學素養和誠信品質，掌握現代管理理論，具有國際化視野、創新意識、團隊精神，具有實踐能力與溝通技能。學生畢業后，能從事工商企業及非盈利組織管理工作或理論研究和教學工作的綜合型人才。
主要課程包括：管理學、微觀經濟學、宏觀經濟學、會計學、統計學、經濟法、財務管理、市場營銷、管理信息系統、企業戰略管理、運營管理、人力資源管理等。