2014年，在保留統考渠道招收博士研究生的基礎上，廈門大學經濟學院和王亞南經濟研究院(簡稱兩院)預留一定比例的招生名額，試點“申請-審 核制”，即申請人提交相關材料，通過兩院的篩選機制，不需參加由學校統一組織的筆試初試，經過初審的考生將直接被邀請參加由兩院聯合組織的面試(包括口試 和筆試)。
此次“申請-考核制”的招生專業包括理論經濟學、應用經濟學和統計學三個一級學科，涵蓋了兩院2014年的全部招生專業。兩院聯合組織面試，依據志愿填報順序，按面試成績由高到低錄取。具體實施辦法，可點擊鏈接查詢()
近幾年來，廈門大學經濟學院和王亞南經濟研究院致力于現代經濟學研究生課程的國際化建設，此次“申請-考核制”的招生試點也是兩院吸引優質生 源、提高研究生培養質量的一個重要舉措。經濟學院和王亞南經濟研究院強調專業核心課程在培養體系中的重要作用，所有專業學位課程都采取雙語教學或全英文教 學，主要由全職“海歸”擔任授課教師，教學內容和教學難度比照北美一流經濟學院系的課程設置。
除常規課程外，兩院還積極開展各類學術交流活動，每年組織上百場學術報告會和二、三十場國際學術會議，為博士研究生提供了各種學術交流的平臺。 從2013年起，廈門大學王亞南經濟研究院攜手德國洪堡大學成立International Research Training Group (簡稱“IRTG”)聯合博士項目。該項目由雙方院校每年分別在全球招收5名博士研究生，進入項目的學生按規定分別在廈門大學和洪堡大學學習一段時間后， 由在雙方導師聯合指導，在符合相關要求后可同時獲得廈門大學和洪堡大學的博士學位。目前，廈門大學錄取的第一批“IRTG”項目5名博士生即將在2014 年9月赴德進修。
廈門大學經濟學院和王亞南經濟研究院在研究生培養上的努力也得到了市場的承認，尤其是學術市場的承認。以王亞南經濟研究院為例，2011年以 來，王亞南經濟研究院培養的博士生分別在復旦大學、山東大學、華東師范大學、湖南大學、對外經貿大學、西南財經大學、中國科學院大學等國內著名高校擔任教 職，其中一位2012屆畢業生還被武漢大學經濟管理學院破格聘為副教授。
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