中國海洋大學醫藥學院是我國高校較早從事海洋藥物研究與開發的教學科研單位之一，其前身為山東海洋學院水產系海洋藥物研究室，始建于1980年。經過全院教職員工三十多年來的辛勤努力，學院在師資隊伍、科研條件等方面得到了長足發展，已成長為全國海洋藥物領域一支重要的教學、科研力量，是學校“211工程”、“985工程”重點建設單位之一，也是國家綜合性新藥研究開發技術大平臺——山東省重大新藥創制中心建設的主要承擔單位之一。
目前，學院擁有一支在海洋藥物學科領域積累厚實、治學嚴謹的師資隊伍，有教職工73名，其中教授20名，副教授17名;博士生導師15名，碩士生導師32 名;94%的專任教師具有博士學位，65%的專職教授有國外留學或工作經歷;2009年成為教育部、山東省優秀創新團隊。隊伍中有中國工程院院士1名，山東省“泰山學者”海外特聘專家1名，校“綠卡人才工程”教授1名，教育部“新世紀優秀人才”5名;十二五”國家“863”計劃海洋技術領域主題專家1名, 第十三屆國家自然科學基金委員會二審專家1名,山東省有突出貢獻中青年專家1名,享受國務院政府特殊津貼專家2名。
學院擁有藥物化學山東省重點學科;擁有海洋藥物教育部重點實驗室，山東省糖科學與糖工程重點實驗室;國家海洋藥物工程技術研究中心等研究基地與平臺;有設施優良的研究實驗樓7800m2，基本建成以核磁共振波譜儀(JNM-ECP 600)、線性離子阱靜電場軌道阱組合質譜儀(LTQ- Orbitrap XL)、共聚焦顯微鏡(LSM510)、流式細胞儀(FACS.VAN.TAGE)為代表的海洋藥物研究開發公共服務平臺，儀器設備總值7300余萬元。
學院自1991年開始招收海洋藥物研究方向研究生，1994年經教育部批準創辦了我國第一個以海洋藥物研究為特色的藥學本科專業，2007年成為山東省品牌專業，2009年成為教育部高等學校特色專業;1998年，經國務院學位委員會批準設置生藥學碩士點，同年，接收海洋藥物研究方向博士后;2000年，增設了藥物化學碩士點;2003年獲準設置藥物化學博士點;2005年獲準設置生藥學博士點，2006年建成藥學碩士學位授權一級學科;2007年獲準設立藥學博士后流動站;2011年建成藥學博士學位授權一級學科，形成了我國以海洋藥物研究為特色的相對完善的藥學創新人才培養體系。從2007至2012 年在“全國一級學科整體水平評估排名”中，連續名列全國藥學學科前十位。
2009-2013年，學院主持承擔“973”計劃、“863”計劃、“重大新藥創制”科技重大專項、國家自然科學基金等國家級、省部級縱向課題120余項，立項經費達11000余萬元，發表SCI收錄論文421篇，其中，IF>3.0以上論文135篇，獲授權發明專利38項;主持編著了我國首部大型海洋藥物典籍——《中華海洋本草》(9卷，1400萬字)以及《海洋藥物學》和《糖藥物學》特色教材， 是國家海洋藥物研究領域重大科技計劃主要承擔單位之一。
1985年成功研制了我國具有國際先進水平的第一個現代海洋西藥----藻酸雙酯鈉(PSS)，并與此后開發的“甘糖酯”、“海力特”等海洋藥物和生物工程制品都實現了產業化;目前有4個國家一類候選新藥(抗艾滋病海洋藥物潑力沙滋、抗腦缺血藥物D-聚甘酯和抗動脈粥樣硬化幾丁糖酯、抗老年性癡呆藥物 971)進入臨床研究階段，其中抗老年性癡呆藥物971于2009年3月份轉讓給美國Sinova公司，轉讓費為8100萬美元，是我國轉讓給國外的第一個海洋藥物;3個(抗Ⅱ型糖尿病海洋藥物—HS203，抗腫瘤藥物ACT-007、MDS-10)處于系統的臨床前研究階段;研究成果先后獲全國科技大會獎、國家科技進步三等獎、山東省最高科學技術獎等省部級以上科技獎勵10余項，“海洋特征寡糖制備技術(糖庫構建)及開發應用”獲2009年度國家技術發明一等獎。
學院注重與國內外知名的科研院所開展廣泛的學術交流與合作，先后與中國醫學科學院北京藥物研究所、中國科學院上海藥物研究所、中國科學院上海有機化學研究所、中國科學院昆明植物研究所、軍事醫學科學院，以及北京大學藥學院、復旦大學藥學院、中國藥科大學、沈陽藥科大學、天津中醫藥大學、上海中醫藥大學等國內知名的科研院所建立了長期有效的合作關系;與美國Michigan大學、美國倫斯勒理工學院、英國倫敦帝國理工學院、加拿大McGill大學、德國 Duesseldorf大學、法國Brest大學、丹麥Roskilde大學等在資源共享、人員互派、學術交流、科學研究等方面建立了密切的合作網絡，促進了學院對外影響與整體地位的穩步提高。