“九五”期間，學校投入“211工程”重點學科建設經費6500萬元，普遍改善了學校的教學和科研條件，為學校集中力量進行重點研究領域的建設打下了良好的基礎。在建設期間共獲得國家級獎勵13項、省部級獎勵221項，包括由學校獨立完 成 的國家技術發明一等獎和國家科技進步一等獎各1 項。“十五”期間，學校在總結經驗的基礎上，將學科建設作為 “211工程”建設的主要內容，通過加大投入力度、精選建設項目等措施，尋求重點突破，投入學科建設經費14000萬元。 本期“211工程”項目的建設進一步提高了學校優勢學科的水平，其中部分學科進入了國內高校同類學科的先進行列。 在“十一五”重點學科評審中，學校在保住原有的5個國家級重點學科的基礎上，新增了4個重點學科，使我校國家級 重點學科的分布面達到6個一級學科，取得了 重大進展。
南京理工大學“十一五”國家重點學科
一級學科國家重點學科
★兵器科學與技術 （含武器系統與運用工程，兵器發射理論與技術，火炮、自動武器與彈藥工程，軍事化學與煙火技術 4個 二級學科）
★光學工程
二級學科國家重點學科
★ 材料學 ★電磁場與微波技術
★ 應用化學 ★模式識別與智能系統
南京理工大學“十一五”江蘇省重點學科
光學工程
納米材料及相關技術 通信與信息系統
計算機應用技術 工程熱物理
控制理論與控制工程 機械電子工程