由于地處湘鄂渝黔四省邊區，為土家族、苗族等少數民族的聚居中心，吉首大學自1958年建校之初便十分重視民族文化研究。吉首大學人類學民族學研究所前身為民族文化研究所，創設于1982年。1998年調整機構和研究方向后，建立了民族學研究所，隸屬于政法學院 。
本院是一個以研究為主，同時承擔本科教學任務的科研教學機構。2001年民族學學科被列為湖南省重點學科，2002年吉首大學成為湖南省民族學研究基地。2003獲得民族學專業獲碩士學位授予權，2004年正式招生。2004年吉首大學進行教學科研機構改革，民族學研究所從政法學院獨立，并改名為人類學民族學研究所。與原屬政法學院的歷史系系所合一，保留各自名稱和編制，組建統一的領導班子，規劃系所的教學和科研工作。