基礎醫學部前身是杭州醫學高等專科學校基礎部，始建于1987年，是我校基礎醫學教育和研究的重要基地，也是醫學基礎理論研究的中心。基礎醫學部設有人體解剖學、組織胚胎學、免疫學與病原生物學、生理學、生物化學、病理生理學、病理學、藥理學、物理學、醫用化學等10個教研室，1個基礎醫學實驗中心(校級重點實驗室)，1個碩士點(人體解剖學和組織胚胎學)和1個校級重點學科(人體解剖學與組織胚胎學)。
師資隊伍
基礎醫學部現有教職工73人，51名專職教師中具有副高以上職稱者占70.6﹪，其中有教授6人、副教授30人;具有碩士以上學位者占62.7﹪，其中博士學位獲得者9人、碩士學位獲得者23人(另有在讀博士研究生4人，在讀碩士研究生1 人)。教師中有省“151”人才(第三層次)2人，市“131”人才(一、二、三層次)8人，校中青年學科帶頭人3人，校中青年骨干教師3人。先后有一批教師獲省、市級“現代教育技能比賽優勝獎”、“先進教師”、“優秀共產黨員”，校級“教學十佳”、“師德標兵”、“學生最喜愛的教師”和“教壇新秀”等榮譽稱號。基礎醫學部還聘請了4位浙江大學基礎醫學院的知名教授、博士生導師為雙聘教授。
課程建設
近年來，基礎醫學部以主要課程建設為基礎，以精品課程建設為導向，將課程建設與學科建設相結合，教學與科研相結合，創建了一批基礎醫學精品課程，提高了本科教學質量。現有省級精品課程3門(人體解剖學、生理學和藥理學)，校級精品課程8門(人體解剖學、組織胚胎學、生理學、醫學微生物學、病理解剖學、藥理學、醫學免疫學和病理生理學)。
科學研究
近五年來，基礎醫學部教師作為主要成員承擔了國家自然科學基金項目9項;主持省自然科學基金和科技廳重點項目10項，各類人才基金項目6項，以上項目既有醫學科學前沿的基礎研究，又有與國家、省市醫學社會發展密切相關的應用基礎和應用研究，研究結果推動了基礎醫學學科的發展，也為省市醫學社會發展作出了應有的貢獻。在國內外公開發表論文近350余篇(被國際索引SCI、EI收錄30余篇);獲市廳級以上科技成果獎4項;主編、副主編教材和專著36部。
實驗室建設
基礎醫學實驗教學中心是校級重點實驗室，目前有31個教學實驗室，儀器設備總值800多萬元，實驗室面積8200多平方米，主要分布在第六和第八實驗樓。實驗中心擁有專職實驗技術人員13人，具有高級實驗師職稱4人，實驗師8人。其中500平方米的人體解剖學陳列室，展出人體標本1600余件，是我校和下沙高校醫學基礎普及教育的重要基地，也是我校對外交流、參觀的一個窗口。基礎醫學部一直注重培養學生的動手能力，發揮學生的自主性、創造性，已有7個學科開設了設計性實驗和開放實驗(實驗室開放項目10余項，直接參與學生200余人)。