我國許多中小企業均采用薪酬管理制度保密制度，使得員工很難判斷在報酬與個人績效之間是否存在著一定聯系，從而引起員工猜疑，產生不滿情緒。我國中小企業薪酬管理制度中存在的主要問題主要表現在以下幾個方面。
一、薪酬管理制度與企業發展戰略不匹配
現階段我國很多中小企業對薪酬管理制度概念的界定缺乏理性的戰略思考。而戰略是企業為了適應未來環境的變化，尋求長期生存和穩定發展而制定的總體性和長遠性的謀劃與方略，制定企業薪酬管理制度戰略對中小企業尤為重要，關系到企業是否能夠吸引人才、留住人才，能否實現總體戰略目標。
薪酬管理戰略必須與企業總體戰略和人力資源戰略相協調，目前我國大多數中小企業就薪酬管理論薪酬管理，把薪酬管理本身當成一種目的，缺少考慮將薪酬管理于企業戰略進行匹配。
正確的做法是從企業自身的總體戰略和人力資源戰略高度出發來設計薪酬管理系統，結合績效管理系統來最大限度地發揮員工的積極性和創造性，從而使得薪酬管理與企業戰略目標相匹配。
二、薪酬管理制度不科學、不規范，缺乏彈性薪酬管理
是由公司根據勞動的負責程度、精確程度、負責程度、繁重程度和勞動條件等因素，將各類薪酬管理劃分等級，按照等級確定薪酬管理標準的一種制度。薪酬管理是薪酬管理系統其它組成部分的基礎和根本。薪酬管理不科學是其它薪酬管理問題的根源。
但很多中小企業沒有形成科學合理的薪酬管理，導致這些中小企業在工資體系管理方面卻問題明顯。
很多中小企業幾乎不做薪籌調查，即使做，調查范圍也非常有限，只是粗略考察市場總體薪酬管理水平，而且很多中小企業員工的工資標準約定俗成或由企業領導隨意確定，員工的各種工資性項目的核算缺乏明確的依據和科學的方法，員工無法通過薪酬管理來了解自己的大致收入，嚴重損傷了員工的工作積極性。
薪酬管理制度缺乏彈性主要是指薪酬管理結構中不同層次和不同崗位員工的工資水平等級較少，在工資體系中與員工績效或企業效益掛鉤的項目較少，總體上表現出員工之間的工資差距較小以及員工的工資基本沒有起伏的現象，使得績效與薪酬管理沒能很好的掛鉤，無法發揮應有的激勵作用。
三、薪酬管理透明性差，忽略了薪酬管理制度溝通作用
員工一般都對薪酬管理制度的公平性高度敏感。不透明的薪酬管理制度會讓員工感覺到企業在進行暗箱操作，進而使員工對制度公平性產生懷疑，對企業失去信任，降低員工滿意度，從而削弱企業薪酬管理制度的員工激勵功能。
而我國許多中小企業均采用薪酬管理保密制度，使得員工很難判斷在報酬與個人績效之間是否存在著一定聯系，從而引起員工猜疑，產生不滿情緒。
薪酬管理制度的一個重要原則是“薪酬管理就是溝通”，管理層只有與員工通過相互交流溝通各自的意圖，公開相關的薪資信息，才能使薪酬管理變得更加科學有效。
四、福利體系尚不完善
員工福利是薪酬管理體系中的一個重要組成部分，是企業或其他組織以福利的形式提供給員工的報酬，是對員工生活的照顧，是組織為員工提供的除工資與獎金之外的一切物質待遇，是勞動的間接回報。
企業要與員工建立長期的合作關系，除基本薪酬管理制度和可變薪酬管理制度部分外，還應有效地運用福利措施，以顯示企業對人才的重視、對員工的關心。
但我國許多中小企業對員工的福利投入較少。其中一些中小企業連社會保險中的“三險一金”部分也未能全面覆蓋。
另有一些中小企業雖然為員工提供了“三險一金”，但還沒有開始從激勵的角度結合員工的具體需求去設計企業的福利，如休假、帶薪休假等，而己有福利的執行力度也不大，沒有建立起完善的福利體系。
五、忽視某些重要的非經濟性報酬
非經濟性的報酬包括參與決策、學習與進步的機會、挑戰性工作、就業的保障性、員工個人價值的實現等。目前，相當一部分中小企業將經濟性薪酬管理當做是對員工進行激勵的惟一手段或者最重要的手段，認為只要支付了足夠多的工資，就能吸納、激勵和留住人才。而那些受教育水平較高的人才首先看重的是個人發展機會、成就感等非經濟性報酬，其次才是高工資等經濟性報酬。
薪酬管理是企業管理的源動力，有了財源支撐方可確保人才滾滾。同理相應，企業要善于運作人才智慧去創造更大的財富。因此，只有吸引、挽留、規劃與激勵優秀基層員工，提高人才危機意識，增強企業自身的核心競爭能力，企業最終才有做強、做大的可能。