彈性福利與企業員工的個性需求緊密聯系，彈性福利的設計是否成功很大程度上取決于是否滿足員工的真正需求。滿足不同年齡、背景和不同層次的員工在不同時期多樣化的需求是彈性福利設計的首要原則。此外彈性福利設計還需要遵循以下原則。
1、組織戰略導向。傳統的福利項目往往是普惠的，福利基本屬于保健因素，它只可以消除員工的不滿，卻不能帶來更大的激勵作用。彈性福利某種程度增加了福利的激勵性，福利項目的設計和方案的實施范圍上要與組織的戰略發展目標相結合，以保證企業戰略發展目標的實現。
2、成本控制原則。在現代企業中，福利在整個薪酬包中的比例越來越大，企業要滿足員工對多元化福利的需求，同時也要對福利成本進行合理的控制，應有切實可行的成本預算，在可接受的成本支出情況下，盡可能為員工提供高品質的福利項目。因此企業
3、系統性設計原則。彈性福利設計不僅要考慮不同福利項目的匹配，更要注意福利導向與直接報酬激勵的一致性，彈性福利設計時要考慮福利總額與企業整體績效相結合，盡量實行有限的成本、效益最大化。
4、遵紀守法原則。設立福利項目必須符合國家相關法律對于福利金提取使用等要求，按照國家規定比例走稅前列支，非稅前列支福利項目需要將其納入員工個人收入中。2009年11月12日，財政部《關于企業加強職工福利費財務管理的通知》對不能納入福利費的項目作了進一步明確。
5、行政與人力成本之投入。彈性福利制度對公司帶來最大的困擾，在于必須花許多人工審核處理員工申請補助的單據，而每年與合作廠商議價也必須花上許多時間成本，此為企業導入彈性福利制度前應審慎考慮之處。
6、動態調整原則。彈性福利不是一成不變的，員工的需求在不同時期往往有著顯著的差異，必須及時根據新的情況做出相應的調整，維持短、中、長期結合的福利體系的平衡，保持一定的彈性和自由度，建立動態糾偏制度，以適應員工需求。